Реки – самое сокровенное богатство Таджикистана. По территории страны протекают 947 рек, общая длина которых превышает 28500 км. Главными водными артериями страны являются Амударья и Сырдарья с их притоками. Бассейн реки Амударьи слагается из основных речных систем: реки Пяндж с основными притоками Гунт и Бартанг, реки Вахш, собирающей воды Алайской долины и северного Памира; реки Кафирниган, Сурхандарья, стекающих с южных склонов Гиссарского хребта. В целом, среднемноголетний сток рек, формирующийся в Таджикистане составляет 64 км3/год, в том числе по бассейну Амударьи 62,9 км3 и Сырдарьи 1,1 км3. Реки Таджикистана дают 55,4% среднемноголетнего поверхностного стока бассейна Аральского моря.
Река Сырдарья
Река Сырдарья является второй по крупности рекой в Центральной Азии, с площадью водосбора 150100 км2. Общая длина Сырдарьи от места слияния р. Нарын и Карадарья 2684 км, а от истоков р. Нарын 3019 км. Среднемноголетний сток реки составляет 37,14 км3. Река протекает по северной части территории Таджикистана протяженностью 192 км. Крупными притоками реки на территории Таджикистана являются р. Исфара, Ходжабакирган, Исфара и Аксу. Общий сток, формируемый в таджикской части бассейна реки Сырдарья незначителен и составляет около 1,1 км3/год. Основной сток рек бассейна Сырдарьи формируется на территории Кыргызстана около 75%, далее Сырдарья протекает по территории Узбекистана и Таджикистана и заканчивается на территории Казахстана, впадая в Северный Арал.
Река Амударья
Река Амударья является крупнейшей рекой в Центральной Азии, с площадью водосбора 199350 км2, длиной 2294 км и среднимноголетним стоком 78,46 км3. В её водосборный бассейн входят: Афганистан, Кыргызстан, Таджикистан, Туркменистан и Узбекистан. Крупными притоками Амударьи являются реки Вахш, Пяндж (слиянием этих двух рек образуется Амударья) и Кафирниган, доля которых в общем объеме водных ресурсов этого бассейна составляет 75,5%. Река Амударья важна для существования миллионов людей, проживающих в бассейне. Водные ресурсы используются в основном для сельского хозяйства, выработки электроэнергии, промышленных, бытовых и питьевых целей.