- Руководство (Министр, Первый заместитель Министра, двое Заместителей Министра)
- Главное управление водно-энергетической политики
- Управление водно-энергетической политики, развития науки и техники
- Управление инвестиционными проектами в области энергетики и водных ресурсов
- Управление мониторинга строительства водно-энергетических сооружений
- Управление экономики и прогнозирования
- Управление электроэнергетики
- Управление по добыче, переработке и поставки нефти и газа
- Управление водных ресурсов
- Управление делами
- Правовой отдел
- Отдел международных отношений
- Отдел бухгалтерского учета и отчетности
- Сектор лицензирования
- Сектор секретариата.
- Сектор кадров и специальной части