Основными водопользователями в Таджикистане являются питьевое водоснабжение и санитария, гидроэнергетика, орошаемое земледелие, промышленность, рыбное хозяйство, рекреация и окружающая среда. Таджикистан фактически использует всего 17-20% формирующихся на его территории водных ресурсов. В среднем за период проведенных наблюдений (1985-2014 гг.) годовой объём используемых различными отраслями экономики страны водных ресурсов составил от 8,0 до 14,5 км3/год.
Питьевое водоснабжение
Питьевое водоснабжение и санитария является важнейшим подсектором водного сектора и его развитие считается первостепенным приоритетом Правительства Республики Таджикистан. Объём воды используемый этим подсектором составляет порядка 400 млн.м3/в год. Из этого количества 103-105 млн.м3 используется непосредственно населением. Нужды питьевого водопотребления и санитарии составляют менее 5,0% от общего объёма водопотребления всей страны.
Ирригация и дренаж.
Сектор орошаемого земледелия в обеспечении продовольственной безопасности страны имеет важное значение. Около 80% сельскохозяйственной продукции обеспечивается за счёт орошаемых земель. Общий объём воды забираемой из всех источников для орошения в среднем составляет 8,0-10,0 км3/в год. Более 90% общего объёма водозабора из природных источников используется для нужд орошаемого земледелия.
Гидроэнергетика
Гидроэнергетика является одной из важных сфер водного сектора Таджикистана, составляющая основу энергетического потенциала страны. Из 5414 МВт имеющихся энергетических мощностей страны 4996 МВт или 93% приходятся на гидроэнергетику. В годовом производстве электроэнергии доля гидроэнергетики составляет 98-99%. Важной особенностью гидроэнергетики является то, что она используя потенциальную энергию воды, не осуществляет её безвозвратное потребление. Это не оказывает воздействия на природное качество воды. Ежегодно вода в объёме 30-35 км3 проходя через гидроэлектростанции страны вырабатывает в целом 16-17 млрд. кВт. часов электроэнергии.
Промышленное водоснабжение
Промышленное производство в начальные годы независимости страны заметно снизилось, но в последние годы стало быстро восстанавливаться. В 1990 году в промышленности было использовано 607 млн.м3 воды, в данное время общее водопотребление достигло 240-300 млн. м3, что равно 2-3% общего водопотребления в стране. Значительная часть воды для промышленности забирается из подземных вод.
Экологические системы
Использование воды для поддержания окружающей среды играет огромную роль. Несмотря на то, что в настоящее время в республике нет конкретных данных по объёмам использования воды для окружающей среды, известно, что для её устойчивости и развития используются достаточные объёмы воды. В целях охраны окружающей среды в Таджикистане леса, озёра и болотные угодья являются водопользователями.
Рыбное хозяйство
Рыбное хозяйство, также считается важным подсектором водопотребления. Рыбохозяйственные пруды построены на широких берегах рек или вблизи от их пойм, что уменьшает безвозвратные потери воды. В среднем объём воды, используемый рыбохозяйственными прудами составляет 90-100 млн.м3/в годили 0,8-1,5% от общего объёма водопотребления в стране.
Рекреация на воде
Территория страны обладает большим рекреационным потенциалом. В республике выявлено 162 природных ландшафтных водных памятников, зарегистрировано более 200 минеральных источников, 18 грязевых и солёных озёр. Объём используемой воды в рекреационных зонах республики не определён, но известно, что используемая при этом вода, после очистки частично возвращается в источники.